RNA-Origami und Nanoporen messen ALS-Gene präzise

Was die Studie zeigt

Elite-Auflösung von 18 Nukleotiden: Die RNA-Origami-Technik erreicht eine außergewöhnliche diagnostische Auflösung 18 Nukleotiden (den grundlegenden chemischen Bausteinen ). Dies bietet mehr als ausreichende Präzision, um gesunde Baselines ährlichen Expansionen mit minimalem Patientengut zu unterscheiden.

Horizont der kommerziellen Skalierung: Während die molekulare Plattform derzeit in laborkontrollierten Umgebungen validiert ist, entwickelt das ät gegründete Spin-out-Unternehmen Cambridge Nucleomics die Technologie aktiv zu einer kommerziellen Diagnostikplattform weiter.

Der nächste Schritt erfordert die Skalierung mehrerer Nanoporen, um sie parallel zu betreiben und klinische Patientensamples mit Geschwindigkeiten zu verarbeiten, die für Routine-Diagnostiken üblich sind.

Was die Studie zeigt

Quelle: University of Cambridge Forscher haben eine Technik entwickelt, die Fehler identifizieren kann, die durch Mutationen verursacht werden, die mit einer Reihe, einschließlich Formen der Muskeldystrophie, der Huntington-Krankheit und der Amyotrophen Lateralsklerose (ALS). Dies könnte die genaue Diagnose dieser Erkrankungen beschleunigen.

Die University of Cambridge entwickelte Technik nutzt RNA-Proben, die in nutzbare Formen gedehnt werden, sowie winzige Glasöffnungen, sogenannte Nanoporen, um Abschnitte, die weit über ihre normale Länge hinaus vervielfältigt wurden.

Das Dehnen fragiler RNA in DNA-markierte Nanostrukturen und das Durchführen dieser durch eine Glas-Nanopore liefert eine diagnostische Auflösung von 18 Nukleotiden, die es ermöglicht, schwere Wiederholungs-Expansion-Mutationen schnell zu dimensionieren. Quelle: Neuroscience News.

Diese erweiterten Abschnitte unterbrechen die Maschinerie

Diese erweiterten Abschnitte unterbrechen die Maschinerie der Zelle und können Zustände auslösen, die als Wiederholungs-Erweiterungs-Störungen bekannt sind und etwa einen von 280 Menschen betreffen.

Wissenschaftler geben an, dass bis zu 90 % der Personen mit diesen Störungen unauffällig bleiben, was die Notwendigkeit eines schnellen und kostengünstigen Tests zur Bestimmung der Wiederholungslänge aufwirft.

Die genomische DNA in unseren Zellen enthält viele Abschnitte einfacher repetitiver Sequenzen; bei Wiederholungs-Erweiterungs-Störungen beeinflusst die Größe der Erweiterung jedoch häufig den Beginn und die Schwere der Erkrankung.

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Die Messung dieser Erweiterungen gilt jedoch als notoriously schwierig. „RNA ist in Bezug darauf, was sie über die zu untersuchenden Störungen verraten kann, unglaublich informativ, aber sie ist auch extrem fragil und oft schwer zu untersuchen", so der Erstautor Gerardo Patiño‑Guillén vom Cavendish Laboratory der Universität Cambridge. „Aktuelle Techniken wurden für DNA entwickelt und verlieren daher häufig die in der RNA enthaltenen Informationen, die auf eine Erkrankung hinweisen." „Wir wollten das beheben." Die Messung ützt sich in der Regel auf die Polymerase-Kettenreaktion (PCR), die viele aus der COVID-19-Pandemie kennen.

Allerdings kann die PCR die wahre Länge des wiederholten Abschnitts verfälschen, während neuere Sequenzierungsmethoden häufig Fehler in den wiederholten Bereichen aufweisen. Eine präzise Bestimmung der Wiederholungs-Expansionen ist für die Diagnose entscheidend, da die Symptome oft davon abhängen, wie groß der wiederholte Bereich geworden ist.

Zum Beispiel können Personen mit etwa 50 Wiederholungen im DMPK-Gen – dem Schwellenwert für die Myotone Dystrophie Typ 1, die häufigste Muskeldystrophie bei Erwachsenen – nur milde Symptome aufweisen. Jedoch kann jede weitere Zunahme der wiederholten Abschnitte das Risiko einer schwereren Krankheitsform erheblich erhöhen, die an Kinder vererbt werden kann.

Bei dem kongenitalen zentralen Hypoventilationssyndrom, einer

Bei dem kongenitalen zentralen Hypoventilationssyndrom, einer weiteren Erkrankung mit Wiederholungs-Expansion, kann ein Unterschied, ob ein Neugeborenes eine normale Atemkontrolle aufweist oder während des Schlafs gefährliche Atemversagen erleidet.

Zusammen mit Kollegen ät Belgrad in Serbien haben die Forscher aus Cambridge RNA-Moleküle mithilfe kurzer DNA-Stücke in markierte Nanostrukturen überführt und diese durch einen Nanopore geleitet.

Während die Moleküle durch den Pore wanderten, erzeugten sie ein elektrisches Signal, dessen Muster der Form des RNA-Moleküls entsprach, einschließlich der Anzahl der enthaltenen Wiederholungen. Dieses RNA-Origami-Verfahren erreichte eine Auflösung 18 Nukleotiden – den grundlegenden Bausteinen –, was ausreicht, um gesunde.

Die Ergebnisse wurden in der Zeitschrift

Die Ergebnisse wurden in der Zeitschrift Nature Communications veröffentlicht.

Patiño-Guillén betont, dass die Fähigkeit, solche subtilen Unterschiede mit minimaler RNA nachzuweisen, angesichts der geringen Mengen an Patient:innenmaterial, die in klinischen Settings oft verfügbar sind,. „Einer der Gründe, warum unsere Partner in Serbien an uns interessiert sind, ist, dass wir nur extrem geringe Mengen an RNA benötigen, um ein gutes Ergebnis zu erzielen", sagte er.

Obwohl das Team im Labor vielversprechende Ergebnisse erzielt hat, strebt es an, seine Technologie so weiterzuentwickeln, dass sie auf eine kommerzielle Plattform skaliert werden kann.

Was die Studie zeigt

Patient:innenproben wurden noch nicht getestet, und die Plattform muss so skaliert werden, dass viele Nanoporen parallel arbeiten – eine Voraussetzung, um Ergebnisse schnell genug für die Routine-Diagnostik zu liefern.

Die ät gegründete Spin-off-Firma Cambridge Nucleomics, die gemeinsam vom leitenden Autor Professor Ulrich Keyser, ebenfalls vom Cavendish Laboratory, mitgegründet wurde, entwickelt die Methode zu einer Diagnostik-Plattform aus.

Obwohl die Technik wahrscheinlich nicht sofort routinemäßige PCR-basierte Diagnostiktests ersetzen wird, könnte sie Sequenzierungstechnologien ergänzen, indem sie schnelle, gezielte Tests bereitstellt, die zur Bestimmung der Ausdehnungsgröße bei Familien geeignet sind, die bereits mit Repeat-Expansion-Erkrankungen bekannt sind, oder für Kliniker, die schnelle Ergebnisse benötigen.

Technischer Hintergrund

Langfristig sieht Patiño-Guillén Potenzial darin, das Ansprechen auf krankheitsmodifizierende Therapien zu überwachen, die in den kommenden Jahren für Repeat-Expansion-Erkrankungen erwartet werden. „Wir verfügen über eine sehr starke molekulare Plattform", sagte er. „Wir sind zuversichtlich bezüglich dessen, was sie in kontrollierten Proben leisten kann.

Die nächste Herausforderung besteht darin, nachzuweisen, dass sie auch in klinischem Material genauso gut funktioniert." Förderung: Die Forschung wurde teilweise vom European Research Council, der Europäischen Union und dem Engineering and Physical Sciences Research Council (EPSRC), einem Teil (UKRI), unterstützt.

Gerardo Patiño-Guillén ist Mitglied, Cambridge. Geklärte Kernfragen: A: Wiederholende genetische Sequenzen stellen das ultimative Tarnmittel für herkömmliche Laborgeräte dar.

Herkömmliche DNA-Tests wie die PCR funktionieren

Herkömmliche DNA-Tests wie die PCR funktionieren ähnlich wie ein Fotokopierer; stoßen sie auf eine Phrase, die sich hunderte Male wiederholt, rutscht die Maschine aus, stolpert und verzerrt die wahre Länge des Abschnitts. Da die Schwere ALS vollständig Länge dieser Wiederholung abhängt, führen diese kleinen Lesefehler dazu, dass Tausende Lücken fallen.

A: RNA ist zwar außerordentlich informativ, aber berüchtigt für ihre Zerbrechlichkeit und schwierige Handhabung. Das Team aus Cambridge löste dieses Problem, indem sie kurze DNA-Stücke als strukturelle Klammern einsetzten, um die zerbrechliche RNA in eine stabile, hochpräzise geometrische Form zu überführen.

Anschließend ziehen sie diese markierte Nanostruktur durch ein mikroskopisches Glasloch, einen sogenannten Nanopore. Während die Form durch das Loch gepresst wird, stört sie einen aktiven elektrischen Strom.

Was die Studie zeigt

Das einzigartige Dip-Muster dieser elektrischen Signatur funktioniert wie ein strukturelles Barcode und verrät Wissenschaftlern exakt, wie viele Wiederholungen das Molekül enthält. A: Nicht sofort. In seiner aktuellen Laborphase ist die Plattform ein hochpräzises, gezieltes Werkzeug und kein Ersatz für die Standard-PCR in der Massenproduktion.

Ihre unmittelbare Stärke besteht darin, als schnelle, gezielte Testmethode für Kliniker zu dienen, die rasche Ergebnisse benötigen, oder für Familien, die bereits wissen, dass sie eine Wiederholungs-Erweiterungs-Erkrankung tragen.

Langfristig wird das System, sobald die vom Universität ausgegliederte Firma Cambridge Nucleomics es skaliert, um gleichzeitig Tausende, auch dazu eingesetzt werden, wie effektiv neuartige, krankheitsmodifizierende Therapien innerhalb der Zellen eines Patienten wirken. Redaktionsnotizen: Dieser Artikel wurde News bearbeitet.

Zusätzliche Kontextinformationen wurden ügt.

Zusätzliche Kontextinformationen wurden ügt.

Zu diesem Forschungsbericht über Genetik und Neurologie Autor: Sarah Collins Quelle: Universität Cambridge Kontakt: Sarah Collins – Universität Cambridge Bild: Das Bild ist dem Neuroscience News zuzuordnen Originale Forschung: Open Access. „Quantifizierung " ño-Guillén, Jovan Pešović, Marko Panić, Max Earle, Anastasija Ninković, Sergiu Petrușca, Dušanka Savić-Pavićević, Ulrich F.

Keyser und Filip Bošković. Nature Communications DOI: 10.1038/s41467-026-72819-5 Quantifizierung Kurze Tandemwiederholungs-Expansionen liegen der Klasse neurologischer und neuromuskulärer Erkrankungen zugrunde, die als Wiederholungs-Expansionsstörungen bekannt sind; dennoch bleibt die präzise Charakterisierung dieser Wiederholungen technisch anspruchsvoll.

Markt und Strategie

Herkömmliche auf Amplifikation basierende Methoden versagen darin, die Wiederholungs länge genau zu erfassen, aufgrund ät. Hier präsentieren wir eine Strategie auf Basis ül-Nanoporen, die eine direkte Quantifizierung ermöglicht.

Durch das Zusammenbauen:DNA-Nanostrukturen, die eine spezifische Wiederholungsanzahl kodieren, erreichen wir eine Unterscheidung der Wiederholungslänge mit einer Auflösung von 18 Nukleotiden.

Unter Verwendung, die Tandemwiederholungen enthält, detektieren und unterscheiden wir erfolgreich krankheitsrelevante Wiederholungslängen, die mit Myotonischer Dystrophie Typ 1 (DM1) und Typ 2 (DM2) sowie mit dem kongenitalen zentralen Hypoventilationssyndrom Typ 1 assoziiert sind.

Technik und Auswirkungen

Schließlich wenden wir unsere Methode auf Gesamtrna an, die aus einer menschlichen Zelllinienmodell für DM1 extrahiert wurde, und zeigen dabei ihre Kompatibilität mit komplexen biologischen Proben.

Unser Ansatz bietet eine Plattform zur Erforschung der Biologie der Wiederholungsexpansion auf Einzelmolekülebene und hat weitreichende Implikationen für Diagnostik, klinische Forschung und multiplexiertes Wiederholungsprofilierung.